JDOM 能够替换 org.w3c.dom 软件包来有计划地操作 XML 文档。它并不是一个简单的替代品，实际上 JDOM 和 DOM 能够愉快地并存。另外，尽管它提供的类的封装从配置和运行分析器执行中分担了大量工作，但它不负责根据文本输入来对 XML 进行语法分析。JDOM 建立在现有的 API 的能力之上，正如项目网页所表述的“一个更好的捕鼠器”。
要理解需要备用 API 的原因，就要考虑 W3C DOM 设计的局限性：
- 语言独立。DOM 并不是用人们心目中的 Java 语言设计的。虽然这种方法保留了在不同语言中非常相似的 API，它也使那些习惯 Java 语言的程序员感到更麻烦。例如：Java 语言内建了一种
String类，而 DOM 则规范定义了自己的Text类。 - 严格的层次结构。DOM API 直接沿袭了 XML 规范。在 XML 中，每件东西都是一个结点，因此您能在 DOM 中找到一个几乎每件东西都可以扩展的基于
Node的接口和返回Node的一系列方法。就多态性的观点来讲，它是优秀的，但鉴于如上解释，它在 Java 语言中的应用是困难而且不便的，其中从Node向叶类型作显式下拉会导致代码的冗长和难以理解。 - 接口驱动。公共 DOM API 仅由接口组成（
Exception类是一个例外，但恰恰足够了）。w3c 对提供实现并不感兴趣，它只对定义接口（比较有意义）感兴趣。但它也意味着作为 Java 程序员使用 API 在创建 XML 对象时增加了分散程度，因为 w3c 标准大量使用工厂化的类和类似的灵活的但不直接的模式。在某些应用中，XML 文档是仅由语法分析器建立的，而从不会由应用程序级代码建立，这是不相关的。但是，随着 XML 更广泛的使用，并不是所有问题都继续需要由语法分析器来驱动。应用程序的开发人员需要一个更方便的方法有计划地构造 XML 对象。
对于程序员，这些约束意味着庞大（在内存占用和接口大小方面）的和难掌握的 API，学习和使用都很难。相反，JDOM 是作为一种轻量级 API 被制定的，最主要的是它是以 Java 为中心的。它在遵循 DOM 主要规则的基础上除去了上述缺点：
- JDOM 是 Java 平台专用的。只要有可能，API 都使用 Java 语言的内建
String支持，因此文本值也适用于String。它还可利用 Java 2 平台的类集，如List和Iterator，给程序员提供了一个丰富的并且和 Java 语言类似的环境。 - 没有层次性。在 JDOM 中，XML 元素就是
Element的实例，XML 属性就是Attribute的实例，XML 文档本身就是Document的实例。由于在 XML 中所有这些都代表了不同的概念，因此它们总是作为自己的类型被引用，而不是作为一个含糊的“结点”。 - 类驱动。因为 JDOM 对象就是像
Document、Element和Attribute这些类的直接实例，因此创建一个新 JDOM 对象就如在 Java 语言中使用new操作符一样容易。它还意味着不需要进行工厂化接口配置 -- JDOM 的使用是直截了当的。
